市場上有那麼多個ETF，同一個指數有著幾個甚至幾十個同類型ETF。投資者應如何選擇好的ETF？一般而言，投資者可以透過基金背景、規模大小、追蹤誤差、折溢價、費用率等因素篩選出比較好的ETF。
1. 留意基金背景
在快速增長的ETF行業中，市場上有大量的ETF基金可供選擇。雖然ETF背後負責的基金公司的背景、名氣等與投資回報不一定有關係，但傳統的大型基金公司有長遠的管理經驗，亦有過往投資回報等資料能被查詢，新晉基金公司成立歷史較短，有可能比較缺乏可以查看的過往表現等資料。例如美國市場上第一隻ETF – SPDR標準普爾500指數ETF (NYSEARCA: SPY)背景的基金管理公司是State Street Global Advisors道富環球，世界最大的資產管理公司之一，SPY能追溯的資料上至1993年。相較近年大熱的美國Ark Invest基金創辦人伍德(Cathie Wood)所管理的ARK系列主動型ETF，雖然在投資回報曾於2020 – 2021年大幅勝過美國標普500指數，但在2022年卻大幅落後，投資者能追溯的基金表現只到2014年(ARKK)，難以估計基金的風險管理能力，以及在熊市會表現如何。
2. 查行ETF銷售資料，了解ETF投資目標和政策
買賣ETF前，要先閱讀ETF的簡報、年報等銷售文件，了解其投資目標、歷史表現、過往派發利息、貨幣對沖政策、以及ETF在過往是否能緊貼或跑贏基準指數等資料。
3. 了解是實物還是合成ETF
ETF可以分為實物ETF和合成ETF，實物ETF以投資實體資產追蹤指數，例如按比指數成份股比例購買股票以追蹤標準普爾500指數，而合成ETF則運用金融衍生工具如Swaps掉期合約及表現掛鈎結構性產品，以複製指數表現。
合成ETF多在新興市場或有投資限制的資產出現，由於難以直接買入相關資產如股票來複製基準指數表現，所以合成ETF基金會透過買賣金融衍生工具或掉期合約來複製指數表現。不過，由於是透過金融衍生工具，投資合成ETF會有額外的風險，若金融衍生工具的發行人出現違約，將有可能波及與其掛鈎的合成ETF價值，投資者務必要留意。
4. 注意內扣成本/總費用率及交易成本
投資ETF前要留意ETF的總費用率，即投資者需付出的費用，如：手續費、保管費、基金管理費，例如SPY目前每年的總費用率是0.0945%，亦需要留意買賣該ETF時要負擔的稅項，以及給券商的佣金。
5. 挑選資產管理規模較大的ETF
投資者亦需要留意ETF的規模大小，一般我們會用資產管理規模(Aseets Under Management, AUM)來衡量基金小大。AUM即基金所投資的資產總市值。一般而言，基金的資產管理規模越大每日的交易量會越多，流動性亦會越好，買賣差價會因而減小；相反，一些資產管理規模較小的基金，交易量可能會較少，買賣差價亦會更大，增加投資者的買賣成本。
同時，一般ETF追蹤的指數由多個資產組成，例如追蹤標準普爾500指數的ETF就需要買入組成指數的500間美國大型企業股票，若ETF規模太小，有可能沒有足夠的資金按比例買進複製指數的成分股票，因而無法完全追蹤指數，造成巨大的追蹤誤差。因此，初學者應從規模較大的ETF著手研究出適合自己的投資組合。
6. 選擇追蹤差距和追蹤誤差低的ETF
選ETF的時候，當然要選能用最低的成本完美複製指數表現的ETF，這個時候就需要用到追蹤差距和追蹤誤差。千萬不要小看一個ETF的追蹤誤差，誤差大會拉低我們的投資回報率的。
Tracking Difference追蹤差距等於一段時間內，ETF和追蹤指數回報率的相差，反映ETF能否緊貼指數回報。
Tracking Error追蹤誤差就是以追蹤差距算出來的Standard Deviation標準差，反映ETF和追蹤指數回報率的相差的波動有多大。
ETF追蹤差距與追蹤誤差越小，代表追蹤效果越好，回報率越貼近指數。這兩個數字一般都能在ETF基金網站上找到。出現追蹤差距與追蹤誤差的原因有很多，包括ETF基金的成本費用、所使用的追蹤工具、操作策略、匯率變動、配息等都會使ETF表現績效偏離指數。
7. 留意折溢價，避免溢價高時買入
每一個ETF都有一個Net Asset Value淨資產價值，簡稱「NAV淨值」，是以一個ETF的總資產減去負債後除以發行股數來計算的，亦可以理解為每一股ETF的實際價值。ETF NAV淨值 = (ETF的總資產 – 總負債) ÷ 發行股數。每一個交易日，ETF基金公司都會公佈這個ETF的淨值是多少。
投資者買賣ETF時需留意ETF的市價(即當下買賣的價格)以及淨值，即折溢價：
- 當市價 < 淨值，我們會稱之為Discount折讓或折價。
- 當市價 > 淨值，稱為Premium溢價。
ETF會出現折溢價原因有幾種：
- ETF 供需不平衡
某些產業或品類ETF例如加密貨幣ETF、大宗商品ETF，當ETF所追蹤的資產炒得火熱投資者有可能爭相購買，或市場出現恐慌時爭相拋售，導致市價遠離淨值。 - ETF 流動性差
ETF的規模小或參與買賣的投資者不多的時候，市場上出價的可能只剩下ETF造市商，買賣差價亦可能因此擴大。投資者想購買或出售ETF時，有可能未能在心目中理想的價位買賣。想購買時可能要付出溢價，賣出時要低於淨值出售。 - ETF與相關資產交易時間不同
投資者要留意ETF所持有的相關資產的交易時間，例如在台灣上市的美國ETF，在台灣開盤時，美國市場正在休息或是假日，這時由於ETF造市商無法買賣相關資產來進行對沖，ETF的買賣差價亦可能因此擴大。當然，大部分時候資產管理規模較大，或是相對熱門ETF造市商能全天候對沖的相關資產例如：標準普爾500指數，ETF的買賣差價亦不會差很多。 - 交易政策限制
投資者需要留意所購買的ETF所追蹤的資產有沒有交易政策限制，由於中國A股市場仍未完全開放，香港上市的A股ETF都受RQFII或QFII的額度限制。當額度被用盡時，市場對A股ETF的額外需求有機會令ETF出現溢價。
話雖如此，一般而言基於ETF造市商的套利，令ETF的買賣價格盡量貼近基金資產淨值，大多ETF的折溢價都會接近0%，但投資者依然要留意折溢價，避免溢價高時買入。
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